Правда в дни своего образования Морская Николаевская академия называлась иначе. При Морском кадетском корпусе был учрежден офицерский класс для "усовершенствования некоторого числа отличнейших из вновь произведенных офицеров в высших частях наук, к морской службе потребных". Курс был сначала двух-, потом трехлетний. Состав преподавателей был блестящий - В. Я. Буняковский, М. В. Остроградский, Э. Х. Ленц.

С 1841 года кроме флотских офицеров к слушанию лекций разрешено было допускать лучших воспитанников из окончивших курс в штурманском полуэкипаже, а также офицеров морской артиллерии и корабельных инженеров. В 1862 году офицерский класс был преобразован в "академический курс морских наук" с двухлетним курсом и тремя отделениями: гидрографическим, кораблестроительным и механическим. Для вступления требовалось предварительное прослужение в офицерском чине не менее двух лет; вакансии распределялись между флотскими офицерами и офицерами корпусов Морского ведомства. 28 января 1877 года академический курс был переименован в Николаевскую Морскую академию. По новому положению об академии, утвержденному 23 мая 1896 года, она состояла из трех отделений — гидрографического, кораблестроительного и механического — и курса военно-морских наук. Продолжительность обучения в отделениях 2 года, а на курсе — 1 год. К слушанию лекций в академии допускались: на гидрографическое отделение — флотские и штурманские обер-офицеры, если они сделали не менее 2 трехмесячных кампаний; на кораблестроительное и механическое — корабельные инженеры и инженер-механики флота, прослужившие не менее 2 лет и пробывшие не менее 12 месяцев на практических занятиях по соответствующей специальности; на курс военно-морских наук — штаб-офицеры флота и лейтенанты, состоящие в этом чине не менее 6 лет и преимущественно окончившие курс в одной из академий или в школах артиллерийской или минной. Число штатных слушателей 37, из них 15 на курсе военно-морских наук, 6 на гидрографическом отделении и по 8 на каждом из остальных двух отделений.

Слушателям отделений читались совместно алгебраический анализ, дифференциальное и интегральное исчисление, аналитическая и практическая механика и частная физика. Специальные предметы: на гидрографическом отделении — астрономия и геодезия, гидрография и метеорология, теория кораблестроения, оптика и система маячного освещения; на кораблестроительном — теория и практика кораблестроения, начертательная геометрия и неорганическая химия; на механическом — пароходная механика, начертательная геометрия и неорганическая химия. На курсе военно-морских наук читались морская стратегия и тактика, военно-морская статистика и география, военно-морская история и морское международное право. Окончившие курс в отделениях по 1 разряду получали годовой оклад жалованья, а флотские обер-офицеры, получившие в среднем выводе не менее 11 баллов — сверх того, два года старшинства в чине.

Окончившие курс офицеры обязаны были прослужить в морском ведомстве по 1-2 года за каждый год пребывания в академии. Управление академией вверялось ее начальнику (он же директор Морского кадетского корпуса). Её первым директором стал адмирал Иван Фёдорович Крузенштерн. Его шестнадцатилетняя деятельность на посту директора была ознаменована введением в курсы морского корпуса новых предметов преподавания, обогащением библиотеки и музеев его многими учебными пособиями и учреждением офицерского класса. Позднее академию возглавляли видные русские вице-адмиралы и контр-адмиралы, среди которых были вице-адимралы Николай Петрович Римский-Корсаков и Дмитрий Сергеевич Арсеньев.

После 1917 года Морская академия продолжила свое существование. В 1922 года она была переименована в Военно-морскую академию РККФ, с 1931 года - Военно-морскую академию РККА им. К.Е. Ворошилова. В 1945 году академия стала называться Военно-морской академией короблестроения и вооружения им. А.Н. Крылова. Позднее она также неоднократно меняла названия, и в наши дни является Военно-морской академией имени Адмирала Флота Советского Союза Н. Г. Кузнецова.

Гордостью академии являются её выпускники, среди которых Адмиралы Флота Советского Союза Н. Г. Кузнецов (1932), С. Г. Горшков (1941), И. С. Исаков (1928). 185 выпускников и преподавателей академии удостоены званий Героя Советского Союза, Героя Социалистического Труда, Героя Российской Федерации. Семеро удостоены этих званий дважды: С. Г. Горшков (1941), В. Н. Леонов, А. Е. Мазуренко (1952), В. И. Раков (1942), Н. В. Челноков (1945), А. О. Шабалин (1955), А. Н. Щукин.